Keisuke Hirota
Last update: 2025-10-31
Profile
About
東京科学大学 (旧東京工業大学) 生命理工学院 生命理工学系 生命理工学コース所属博士1年の廣田 佳亮 (Hirota Keisuke)です。 現在、主に山田研究室にて、AI開発やメタゲノム解析を中心にバイオインフォマティクスに取り組んでいます。
E-mail: hirota.k.ag[at]m.titech.ac.jp
Education
| 2025/04 - Present | 東京科学大学 生命理工学院 生命理工学系 生命理工学コース（博士後期課程） |
| 2023/04 - 2025/03 | 東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系 生命理工学コース（修士課程） |
| 2019/04 - 2023/03 | 東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系 |
Research
酵素スクリーニングのためのAI開発
酵素は、生物の活動に必須な生体触媒であるだけでなく、幅広い産業にも応用されている重要なタンパク質です。本研究では、その中でも特に「オーファン酵素」と呼ばれる遺伝子配列が未知である酵素に注目し、酵素の機能をもとに候補遺伝子を多種多様なゲノムから探索するためのAI手法の開発に取り組んでいます。 (Hirota K et al. Bioinformatics 2025, Hirota K et al. bioRxiv 2025)
ヒト腸内細菌叢を対象としたメタゲノム解析
所属研究室の主な研究テーマである「ヒト腸内細菌叢と疾患の関連」に関して、共同研究や研究室のデータ基盤のため、解析パイプラインの整備および実行を担っています。
人獣共通感染症ウイルスのバイオインフォマティクス解析
千葉大学大学院医学研究院の川崎先生のもとで、人獣共通感染症ウイルスのバイオインフォマティクス解析に取り組んでいます。
Publicaion
- Keisuke Hirota, Takuji Yamada. DeepRES: Deep learning enables reaction-based comprehensive enzyme screening, bioRxiv. 2025.07.28.667344.
- Keisuke Hirota, Felix Salim, Takuji Yamada, DeepES: Deep learning-based enzyme screening to identify orphan enzyme genes, Bioinformatics. Volume 41, Issue 3, March 2025, btaf053
Conference
- Keisuke HIROTA, Takuji YAMADA. DeepRES: Deep learning enables reaction-based comprehensive enzyme screening, CBI学会2025年大会, O05-04, タワーホール船堀, 2025年10月(口頭発表) (口頭発表賞・学生発表奨励賞受賞)
- 廣田佳亮, 山田拓司. DeepRES: Deep learning enables reaction-based comprehensive enzyme screening, 2025年日本バイオインフォマティクス学会年会 第13回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2025), OS-304, 名古屋大学豊田講堂・シンポジオン, 2025年9月(口頭発表)
- 廣田佳亮, 山田拓司. DeepRES: Deep learning enables reaction-based comprehensive enzyme screening, 2025年日本バイオインフォマティクス学会年会 第13回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2025), PO-152, 名古屋大学豊田講堂・シンポジオン, 2025年9月(ポスター発表)
- 廣田佳亮, 山田拓司. オーファン酵素遺伝子探索のための深層学習を用いた酵素スクリーニング手法の開発, 第7回日本メディカルAI学会学術集会, P-2-26, 国立京都国際会館, 2025年6月(ポスター発表)
- 廣田佳亮, 山田拓司. Deep learning-based enzyme screening to identify orphan enzyme, 第98回日本細菌学会総会, P2-67, 石川県立音楽堂, 2025年5月(ポスター発表)
- 佐藤龍飛, 廣田佳亮, 山田拓司. Prediction of medium components for bacteria using Machine Learning, 第98回日本細菌学会総会, P2-70, 石川県立音楽堂, 2025年5月(ポスター発表)
- Keisuke HIROTA, Takuji YAMADA. Deep learning-based enzyme screening to identify orphan enzyme genes, CBI学会2024年大会, P03-12, タワーホール船堀, 2024年10月(ポスター発表)
- 廣田佳亮, 山田拓司. オーファン酵素探索のための深層学習を用いた酵素スクリーニング手法の開発, 生命情報科学若手の会 第16回年会, 21, ニューウェルシティ湯河原, 2024年9月(ポスター発表)
- 廣田佳亮, 山田拓司. オーファン酵素遺伝子特定のための酵素機能予測モデルの開発, 日本農芸化学会2024年度大会, 2B4p06, 東京農業大学世田谷キャンパス, 2024年3月(口頭発表)
- 廣田佳亮, 山田拓司. オーファン酵素遺伝子探索のための深層学習を用いた酵素機能予測モデルの開発, 第18回日本ゲノム微生物学会年会, 3O1-08, かずさアカデミアホール, 2024年3月(口頭発表)
- 廣田佳亮, 山田拓司. Development of deep learning model for gene function prediction, 2023年日本バイオインフォマティクス学会年会 第12回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2023), P-13, 柏の葉カンファレンスセンター, 2023年9月(ポスター発表)
Experience
| 2024/09 - Present | 千葉大学大学院医学研究院 | 特任研究員 |
| 2022/08 - Present | 東京科学大学 山田研究室 | Research Assistant |
| 2022/11 - 2025/02 | 株式会社メタジェン | インターンシップ |
Award
| 2025/10 | CBI学会2025年大会 口頭発表賞 | - |
| 2025/10 | CBI学会2025年大会 学生発表奨励賞 | - |
| 2023/03 | 令和4年度 東京工業大学優秀学生賞 | 学業成績と人物ともに優秀な学生に贈られる |
| 2023/03 | 令和4年度 高宮賞 | 東京工業大学生命理工学院生命理工学系の成績優秀者に贈られる |
Scholarship
| 2025/04 - 2028/03 | Tokyo Tech 総合知と癒しの次世代フロントランナー育成プログラム (Tokyo Tech SPRING) 予約採用 | 2,160,000 JPY/year |
Others
| 2025/08 | 子どもサイエンス教室「腸内細菌ってなんだ?」2025 夏 | スタッフ |
| 2024/04 | Dry×Wet 生命科学アイデアソン@INDEST | 企画・メンター |
| 2024/03 | 子どもサイエンス教室「腸内細菌ってなんだ?」2024 春 | スタッフ |
| 2023/11 | 子どもサイエンス教室「腸内細菌ってなんだ?」in 那覇 | スタッフ |